Die konfessionelle Entwicklung der Reichsstadt Regensburg und ihrer Stiftungen ist nur aus der Reichsgeschichte heraus verständlich. Nach dem Tode des Kurfürsten Moritz von Sachsen und dem Rückzug Kaiser Karls V. aus der deutschen Politik setzten sich die friedenswilligen Kräfte im Reich durch. Der Gedanke der Religionseinheit wurde nach zähen Verhandlungen zwischen Kaiser Ferdinand I. und den Reichsständen auf dem Augsburger Reichstag (1555) aufgegeben, das Recht zur Bestimmung der Konfession dem Landesherrn zugebilligt. Die Bekenntniswahl kam ausschließlich den Reichsständen selbst, also auch den Reichsstädten, nicht aber ihren Untertanen zu. Die viel zitierte Formel "cuius regio, eius religio" (wessen Herrschaft, dessen Glaube) steht jedoch nicht im Vertragstext des Jahres 1555, sondern geht auf den Greifswalder Kanonisten Stephani zurück. Nach dem Augsburger Religionsfrieden besaß grundsätzlich jeder Landesherr das unbeschränkte "ius reformandi".
Bei der Einführung der Reformation in Regensburg (1542) befanden sich in der Verwaltung des Almosenamtes, die nachfolgenden, heute in der Evangelischen Wohltätigkeitsstiftung vereinigten, Stiftungen: Leprosenhaus St. Lazarus, Spital St. Oswald, Bruderhaus, Reiches Almosen, Gemeines Almosen, Neue Stift. Nach Einführung der Reformation kamen Legatenstiftung, Waisenhaus, Erziehkinderstiftung, Evangelisches Krankenhaus und außerordentlich viele Zustiftungen dazu.
Im Inneren Regensburgs musste zwar die Reichsstadt die Herrschaft mit sechs katholischen Territorien teilen. Doch blieb der rechtliche Status der städtischen Stiftungen unberührt. Auch die Verflechtung von Reichsstadt und evangelischer Kirche brachte keine Änderung im Status der Stiftungen, da der Rat sowohl die Oberaufsicht über das Almosenamt, wie über das evangelische Kirchenwesen innehatte. Wohl aber galten die Stiftungen, weil sie von der evangelisch gewordenen Reichsstadt verwaltet wurden und nach und nach nur evangelische Bürger in die Stiftungseinrichtungen aufgenommen wurden, als evangelischer Besitz.
War auf dem Augsburger Reichstag von 1555 der Gedanke der Religionseinheit aufgegeben und prinzipiell den Landesherren das "ius reformandi" zugesprochen worden, so brachte der Westfälische Friede nach dem verheerenden Dreißigjährigen Krieg die Festschreibung der Besitzverhältnisse: Der Besitzstand vom 1. Januar 1624 ( = Normaljahr) wurde zum Rechtsstand erhoben. Damit waren auch in Regensburg die städtischen Stiftungen, die seit 1542, wie die Reichsstadt selbst, der evangelischen Konfession angehörten, reichsrechtlich als evangelische Stiftungen anerkannt. Das St. Katharinenspital wurde entsprechend dieser Bestimmungen und gemäß dem Städteartikel für paritätisch erklärt, da die weltliche Bank von der evangelischen Reichsstadt und die geistliche Bank vom katholischen Domkapitel besetzt wurde.
Kurerzkanzler Carl von Dalberg erhielt 1802 die Reichsstadt und die Reichsstifte als eigenes Fürstentum. Zugleich Bischof von Regensburg vereinigte auch er weltliche und geistliche Obrigkeit in einer Person. Dalberg kümmerte sich sehr um das Armenwesen und übernahm selbst die Oberleitung (1805). Kurze Zeit (1805/1806) wurden die evangelischen Stiftungen mit der öffentlichen Armenkasse (LocalArmeninstitut) vereinigt. 1808 wurde das Vermögen der einzelnen evangelischen Stiftungen wieder ausgeschieden und hergestellt.
Der Westfälische Friede mit seiner Bestimmung des "Normaljahres" war bis zum Ende des "Alten Reichs" 1803/1806 das maßgebliche Fundamentalgesetz der Reichsverfassung - vor allem wegen des jetzt dauerhaften Religionsfriedens. Spitäler und Stiftungen retteten ihren Besitzstand über die Säkularisation und die allgemeine Umbruchszeit des frühen 19. Jahrhunderts hinweg, doch kam nun Bewegung in die konfessionell geprägten Besitzstände der Regensburger Stiftungen. In einem Beschwerdeschreiben beklagten die katholischen Bürger am 4. März 1827 die bevorzugte Behandlung der evangelischen Stiftungen während der Dalbergzeit. Ein umfangreiches Gutachten des Regierungsdirektors und späteren Regierungspräsidenten Ignaz von Rudhart diente als Grundlage für den anschließenden Vergleich. Der Magistrat und die Gemeindebevollmächtigten beschlossen 1832 die Überlassung von 95.000 Gulden an den katholischen Bevölkerungsteil. Diese "Entschädigungssumme" wurde zur Gründung des Katholischen Bruderhauses, des heutigen Bürgerstifts St. Michael, verwendet. Der protestantische Anteil am paritätisch geführten Katharinenspital wurde schließlich im Jahre 1891 abgelöst. Die konfessionell geprägten Auseinandersetzungen um die Aufsichts- und Verwaltungsrechte über die Stiftungen sind bei der Evangelischen Wohltätigkeitsstiftung bis in die Gegenwart nicht zur Ruhe gekommen. So bestritten in jüngster Zeit (1979 bis 1991) mehrere evangelische Bürger die Rechtmäßigkeit der Verwaltungsrechte der Stadt Regensburg an der Evangelischen Wohltätigkeitsstiftung und klagten auf Umwandlung in eine durch sie zu verwaltende Stiftung, hilfsweise in eine kirchlich-evangelische Stiftung. Der Bayerische Verfassungsgerichtshof (1984) und der Bayerische Verwaltungsgerichtshof (1989) bestätigten die bisherige Regelung, die entsprechenden Bundesgerichte - Bundesverwaltungsgericht (1990) und Bundesverfassungsgericht (1991) - nahmen die Klagen nicht zur Entscheidung an.